1990 m. žvejybos laivynui atsisakius remti komandą, beveik visi žaidėjai perėjo į Klaipėdos „Sirijų“, kuris tais metais laimėjo ir Lietuvos taurę, ir čempionatą. „Atlanto“ tradicijos tesėju tapo pusiau mėgėjiškas „Granitas“.
Nuo 1991 m. (jau atskirame Lietuvos čempionate) iki 1996 m. rungtyniavo dvi Klaipėdos komandos – „Sirijus“ ir „Granitas“, kurios užėmė atitinkamai 5 ir 7 vietas. 1992 m. buvo laimėti medaliai – „Sirijus“ užėmė 3-iąją vietą. 1993 m. „Sirijus“ buvo arti kaip niekada iki rungtynių Europos taurei laimėti, bet čempionato pabaiga buvo itin nesėkminga ir teko tenkintis 4-ąją vieta, o Lietuvos taurės finale buvo pralaimėta Vilniaus „Žalgiriui“ rezultatu 0:1. Jau tada pradėjo jaustis rėmėjų krizė. Atsisakius statybos trestui remti „Granitą“, komandą pradėjo šefuoti Klaipėdos miesto policijos komisariatas, komanda pasivadino Policijos sporto klubu „Aras“, o jos kapitonu buvo policijos greito reagavimo būrio vadas Vacys Lekevičius. 1994 m. žiemą prie „Sirijaus“ pavadinimo prisidėjo VLPFK – Vakarų Lietuvos pramonės ir finansų korporacija ir „Vakarų bankas“. Tačiau tai buvo netikras rėmimas. Būtent nuo tada prasidėjo geriausių futbolininkų nutekėjimas į kitus klubus – „Inkarą“, „Žalgirį“, „Romarą“. Tuomet „Sirijų“ paliko Arūnas Šuika, Saulius Mikalajūnas, A. Mika, kiek vėliau Marius Poškus, Orestas Buitkus ir kiti. 1995 m. „Aras“ čempionate buvo ketvirtas, bet tai buvo galima pavadinti „gulbės giesme“, kadangi po to prasidėjo žaidėjų grobstymas ir „Arą“ paliko Rimantas Žvingilas, Audrius Žuta. 1995 m. bankrutavus „Vakarų bankui“, problemos ir Lietuvos futbolo veikėjų užkulisiniai žaidimai privedė prie to, kad Klaipėda galėjo išvis likti be komandos aukščiausioje lygoje.
1996 m. FK Klaipėda (buvęs „Sirijus“) turėjo kovoti tik dėl 9–16 vietų, „Aras“ dėl 1–8 vietų, tačiau abi komandos liko be finansavimo šaltinių. Tik susirūpinus miesto valdžiai buvo nuspręsta padaryti vieną komandą – „Atlantą“, kitai suteikiant dublerių statusą.