Saulius Širmelis treniravo Vilniaus „Žalgirį“ 2017–2018 m. sezonuose. Jis pradėjo dirbti komandoje 2017 metų pavasarį, kai tapo laikinuoju vyriausiuoju treneriu po Edgaro Jankausko pasitraukimo. Vėliau, dėl gerų rezultatų, buvo paskirtas nuolatiniu vyriausiuoju treneriu. Jo vadovaujama komanda pasiekė nemažai sėkmių tiek nacionalinėse, tiek tarptautinėse varžybose. 2018 m. rudenį Širmelis paliko „Žalgirį“, o jo vietą užėmė Vladimiras Čeburinas.